La MAADO a son siège à Ouagadougou, mais dispose des représentations locales dans les régions   où il existe une Administration Douanière ce sont :

• La région du Centre chef lieu Ouagadougou 
• La région de l’Est chef lieu Fada
• La région du Centre Est chef lieu Tenkodogo.
• La région de l’Ouest chef lieu Bobo Dioulasso
• La région du Nord chef lieu Dori
• La région  du Sud Ouest chef lieu Diébougou

En plus ces sections locales des directions régionales, il y a la section locale de la Direction Générale des Douanes et la section locale de la Direction Générale de l’Ecole Nationale des Douanes.

En effet pour permettre une meilleure implantation de la MAADO à l’échelle nationale, le CA et la  Direction au regard des dispositions statutaires a mis en place dans chaque région douanière du pays une section locale de la MAADO qui sert de relai entre la MAADO et ses membres.